lunes, mayo 28, 2012

Los algoritmos de Google y Facebook inspiran la investigacion contra el cancer.


(Los acentos fueron obviados por cuestiones tecnicas)


La forma de medir la relevancia de una web y de analizar una red de amigos ha permitido descubrir biomarcadores para el diagnostico del cancer de pancreas
El sistema que usa Google para medir la relevancia de una pagina web ha servido a un grupo de investigadores alemanes para analizar 20.000 proteinas relevantes para el cancer de pancreas. Tambien han imitado el algoritmo de Facebook para descubrir sus interacciones y han encontrado que siete de ellas son importantes en la progresion de esta enfermedad oncologica. Aunque los biomarcadores encontrados parecen significar un avance en el diagnostico del cancer de pancreas, todavia no se pueden aplicar a la practica clinica.
Como decide Google que paginas son las mas relevantes y la manera en la que se relacionan los usuarios de Facebook son dos estrategias que se han utilizado para encontrar proteinas clave en el desarrollo del cancer de pancreas. Este es el resultado de una investigacion alemana que se publica en la revista Plos Computational Biology.
Los cientificos de la Universidad de Dresde emplearon una modificacion del algoritmo ‘PageRank’ de Google para testar la posible relevancia de 20.000 proteinas en el cancer de pancreas. El resultado es el hallazgo de siete moleculas que pueden ayudar a determinar la agresividad del tumor y como de intensa debe ser la quimioterapia que reciba el paciente.
 “Hemos buscado marcadores teniendo en cuenta todas sus interacciones, es decir, hemos fisgoneado en su red de ‘amigos”, explica a SINC Christof Winter, bioinformatico y primer autor del estudio.
 “La busqueda de biomarcadores de manera aislada daba muchos falsos positivos”, aseguran los cientificos. Las proteinas que encontraban podian predecir bien la progresion del cancer en una cohorte de pacientes pero no en personas individuales. “Usando el algoritmo de Google y teniendo en cuenta la red de interacciones de las proteinas nuestros resultados son mucho mas reproducibles y aplicables a cada paciente”, afirma Winter.
Al principio, el equipo experimento con sus propias estrategias de busqueda, pero “pronto nos dimos cuenta de que el algoritmo que necesitabamos ya existia”, comenta Winter. “Estaremos encantados de facilitar el codigo que hemos utilizado y las instrucciones para activarlo a todo aquel que lo necesite”, aseguran los investigadores.
La importancia de los biomarcadores
 “En medicina buscamos biomarcadores en muestras de saliva, pelo y sangre de los pacientes”, explica Winter. Estas moleculas permiten saber si una persona esta enferma (marcadores diagnosticos o de deteccion temprana) y su progresion (marcadores pronosticos).
 “Casi todos los marcadores, en su sentido mas amplio, se pueden detectar en un analisis de sangre estandar –señala el experto–. Pero desde hace una decada los marcadores mas populares son los que medimos mediante tecnicas de genomica y transcriptomica”.
Aunque los biomarcadores encontrados parecen significar un avance en el diagnostico del cancer de pancreas, todavia no se pueden aplicar a la practica clinica. “Queda mucho camino por recorrer si queremos transformar estos descubrimientos en farmacos que detengan la progresion del cancer”, comentan los autores.
El grupo de Winter ya esta colaborando con RESprotec, una compañia biotecnologica que trabaja en el desarrollo de nuevos medicamentos relacionados con el cancer pancreatico.


Fuente: Tendencias 21

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